1959 m. priėmus pirmąjį Gamtos apsaugos įstatymą, Lietuvoje pradėta galvoti apie specialius retų ir nykstančių rūšių sąrašus.
1962 m. Gamtos apsaugos komitetas patvirtino Lietuvos mokslų akademijos Botanikos instituto ir Botanikų draugijos pateiktą saugotinų augalų rūšių sąrašą, į kurį buvo įrašytos 176 retos ir nykstančios aukštesniųjų augalų rūšys.
1964 m. šis sąrašas buvo patikslintas ir papildytas.
1976 m. Gamtos apsaugos komiteto siūlymu įsteigta Lietuvos raudonoji knyga, į kurią įrašyta 42 gyvūnai ir 30 aukštesniųjų augalų rūšių.
1981 m. knyga išspausdinta, o 1984 m. išleistas jos papildomas tiražas.
1990 m. Lietuvos raudonosios knygos sudarymo ir tikslinimo ėmėsi Lietuvos Respublikos Aplinkos apsaugos departamentas.
1992 m. išleista antroji Lietuvos raudonoji knyga, kurioje aprašyta 501 nykstanti ar reta gyvūnų, augalų ir grybų rūšis.
2003 m. Lietuvos raudonosios knygos komisija, vadovaujama Vilniaus universiteto Ekologijos instituto direktoriaus Mečislovo Žalakevičiaus, sudarė naują sąrašą, į kurį įtraukta 815 saugomų rūšių. Tarp jų - 23 žinduolių, 75 paukščių, 128 vabzdžių, 224 gaubtasėklių augalų, 199 grybų bei kerpių rūšys. Palyginti su buvusiu sąrašu, naujasis padidėjo 33 rūšimis, įrašius keliolika europinės svarbos rūšių. Tai keturios moliuskų suktenių rūšys, šikšnosparniai - europiniai plačiaausiai ir kūdriniai pelėausiai, vabzdžiai - plokščioji skėtė, purpurinis plokščiavabalis, plačioji dusia ir kiti. Rūšys, kurios Lietuvoje yra išnykusios, priskirtos išnykusių ir tikėtinai išnykusių rūšių 0(Ex) kategorijai. Tai žinduoliai - europinė audinė, rudasis lokys ir ąžuolinė miegapelė, paukščiai - kilnusis erelis, didysis erelis rėksnys, gyvatėdis, kuoduotasis vieversys ir žvyrė, žuvys - sturys bei sparis ir t. t. Lietuvoje pagerėjus aplinkos kokybei, kai kurios rūšys pagausėjo, joms jau nebegresia išnykimas. Todėl šios rūšys priskirtos atkurtai 5(Rs) kategorijai. Tai ūdros, stumbrai, griežlės, nendrinės rupūžės ir perpelės.
2005 m. nauja „Į Lietuvos raudonąją knygą įrašytų saugomų gyvūnų, augalų ir grybų sąrašo" redakcija.
2007 m. išleista trečioji Lietuvos raudonoji knyga, kurioje aprašytos 767 saugomos rūšys (253 gyvūnai, 339 augalai ir 175 grybai (įskaitant kerpes)).
2021 m. išleista ketvirtoji Lietuvos raudonoji knyga, kurioje aprašytos 566 saugomos rūšys (225 gyvūnai, 224 augalai ir 117 grybai (įskaitant kerpes))
